Detský domov „Lienka“ spája svoju bohatú históriu s osobitnou školou (OŠI; neskôr špeciálna základná škola) vo Veľkých Kapušanoch. Prvé 2 triedy osobitnej školy boli založené už v roku 1952. Postupne sa rozrastal počet tried i žiakov a v roku 1962 bola škola rozšírená na internátnu školu, pričom tu už boli umiestňovaní, okrem žiakov, ktorí boli na týždenných pobytoch, i deti s nariadenou ústavnou výchovou. V roku 1969 ma OŠI už 125 žiakov a 60 zamestnancov. Postupne sa škola rozrastala nielen počtom žiakov, ale i priestorovo. V roku 1978 už má škola 16 tried, 155 žiakov a 74 zamestnancov.
V roku 1988 sa pre potreby OŠI odkúpila novostavba ubytovne Slovnaftu – Vojany, ktorá sa následne zrekonštruovala a v roku 1991 sa do novej výškovej budovy nasťahovalo 180 detí OŠI s nariadenou ústavnou výchovou a o dva roky neskôr i 26 detí z detského domova v Kašove.
Od roku 1992 zariadenie dostalo právnu subjektivitu a v roku 1994 štatút detského domova s názvom Lienka. V roku 1997 sa zariadenie rozdelilo pod 2 rezorty: rezort sociálny a rezort školstva a vznikajú dve organizácie pod jedným vedením – DeD „Lienka“ a Špeciálna základná škola internátna (ŠZŠI). V roku 2000 sa v časti detského domova začína s celkovou transformáciou na detský domov rodinného typu a vznikajú prvé dve „rodinky“.
Zlomovým bodom v spoločnej existencii DeD a ŠZŠ bol december 2003, keď došlo k rozdeleniu zariadenia pod dve riaditeľstvá a následne k 1. januáru 2004 delimitácii internátnej časti ŠZS do DeD „Lienka“ a vzniká najväčší DeD na Slovensku s kapacitou 175 detí.
Naďalej sa pokračovalo v transformácii DeD na DeD rodinného typu a koncom roka 2004 boli sprevádzkované prvé 2 rodinné domy v Kráľovskom Chlmci, ďalšie v rokoch 2005, 2006, 2010, 2011 a 2012
Okrem priestorovej transformácie sa v roku 2009 pristúpilo i k zmene hospodársko-ekonomických podmienok, vytvoril sa systém prideľovania, hospodárenia a zúčtovania pridelených prostriedkov pre samostatné skupiny – samostatné skupiny prešli na systém samofinancovania a vytvorila sa i samostatná skupina pre maloleté matky s deťmi.
V rámci zmien v personálnej štruktúre DeD v júli 2009 prijal prvého profesionálneho rodiča, do konca roku sa ich počet rozrástol na 3. V ďalších dvoch rokoch došlo k zvyšovaniu počtu profesionálnych rodín až na súčasných 10, a odbúral sa obslužný personál, posilnil sa odborný tím DeDa počet pracovníkov v samostatných skupinách. Pozornosť sa venovala i zvyšovaniu odbornosti zamestnancov prostredníctvom rôznych vzdelávacích a výcvikových programov.
K posledným organizačným zmenám došlo v marci 2019 v závislosti so zmenami formy práce v centrách pre deti a rodiny. Bola vytvorená skupina pre dobrovoľné pobyty detí a rodičov a pre tehotné ženy a tieto ženy po pôrode a ich deti. Celková kapacita zariadenia sa zvýšila na 191 klientov a počet úväzkov vzrástol na 131.